ছাত্রজীবন থেকেই রাজনীতির সঙ্গে যুক্ত মির্জা ফখরুল ইসলাম আলমগীর। ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ে অর্থনীতি বিভাগের শিক্ষার্থী থাকাকালে তিনি তৎকালীন পূর্ব পাকিস্তান ছাত্র ইউনিয়নের রাজনীতিতে সক্রিয় হন। ১৯৬৯ সালের গণঅভ্যুত্থানের সময় সংগঠনটির ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় শাখার সভাপতি হিসেবে আন্দোলনে গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করেন। আন্দোলন-সংগ্রামে সক্রিয় থাকার কারণে সে সময় তাকে গ্রেপ্তারও হতে হয়েছিল।
স্বাধীনতার পর শিক্ষকতা ও সরকারি চাকরিতে যুক্ত হন মির্জা ফখরুল। ১৯৭২ সালে ঢাকা কলেজে অর্থনীতির শিক্ষক হিসেবে কর্মজীবন শুরু করেন। পরবর্তীতে সরকারি প্রশাসনের বিভিন্ন দায়িত্ব পালন করেন। ১৯৮৬ সালে সরকারি চাকরি ছেড়ে সক্রিয় রাজনীতিতে ফেরেন তিনি। ১৯৮৮ সালে নির্দলীয় প্রার্থী হিসেবে ঠাকুরগাঁও পৌরসভার চেয়ারম্যান নির্বাচিত হন।
১৯৯০-এর দশকের শুরুতে এরশাদবিরোধী আন্দোলনের সময় বিএনপিতে যোগ দেন মির্জা ফখরুল। ১৯৯২ সালে ঠাকুরগাঁও জেলা বিএনপির সভাপতি হন। ১৯৯১ ও ১৯৯৬ সালের জাতীয় সংসদ নির্বাচনে ঠাকুরগাঁও-১ আসনে পরাজিত হলেও ২০০১ সালের নির্বাচনে একই আসন থেকে বিএনপির প্রার্থী হিসেবে জয়ী হয়ে সংসদ সদস্য নির্বাচিত হন। পরে কৃষি এবং বেসামরিক বিমান পরিবহন ও পর্যটন মন্ত্রণালয়ের প্রতিমন্ত্রীর দায়িত্ব পালন করেন।
এরপর বিএনপির কেন্দ্রীয় নেতৃত্বে উঠে আসেন মির্জা ফখরুল। ২০০৯ সালে দলের সিনিয়র যুগ্ম মহাসচিব এবং ২০১১ সালে ভারপ্রাপ্ত মহাসচিবের দায়িত্ব পান তিনি। ২০১৬ সালের ৩০ মার্চ বিএনপির মহাসচিব নির্বাচিত হওয়ার পর দীর্ঘদিন ধরে দলটির শীর্ষ নেতৃত্বে থেকে বিভিন্ন রাজনৈতিক আন্দোলন ও কর্মসূচিতে নেতৃত্ব দিয়ে আসছেন।
২০০৮ সালের পর বিএনপির রাজনৈতিক সংকট ও বিভিন্ন আন্দোলনের সময় দেশে থেকে দলীয় কর্মকাণ্ড পরিচালনায় গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা রাখেন মির্জা ফখরুল। রাজনৈতিক কর্মসূচিকে কেন্দ্র করে তাকে একাধিকবার কারাবরণও করতে হয়েছে।
সর্বশেষ ২০২৬ সালের ত্রয়োদশ জাতীয় সংসদ নির্বাচনে ঠাকুরগাঁও-১ আসন থেকে আবারও সংসদ সদস্য নির্বাচিত হন তিনি। বিএনপি সরকার গঠন করলে স্থানীয় সরকার, পল্লী উন্নয়ন ও সমবায় মন্ত্রণালয়ের মন্ত্রীর দায়িত্ব পান মির্জা ফখরুল।
দীর্ঘ রাজনৈতিক জীবনে ছাত্রনেতা থেকে পৌর চেয়ারম্যান, সংসদ সদস্য, প্রতিমন্ত্রী, বিএনপির ভারপ্রাপ্ত মহাসচিব এবং মহাসচিব—বিভিন্ন গুরুত্বপূর্ণ দায়িত্ব পালন করেছেন তিনি। সর্বশেষ ১৩ আগস্ট ২০২৬ বিএনপি তাকে রাষ্ট্রপতি নির্বাচনের জন্য দলীয় প্রার্থী হিসেবে মনোনয়ন দেয়। রাষ্ট্রপতি পদে মনোনয়ন পাওয়ার পর দলীয় মহাসচিব ও এলজিআরডি মন্ত্রীর পদ থেকে পদত্যাগ করেন তিনি।
দীর্ঘ রাজনৈতিক পথচলায় নানা চড়াই-উতরাই পেরিয়ে মির্জা ফখরুল এখন দেশের সর্বোচ্চ সাংবিধানিক পদ রাষ্ট্রপতি হওয়ার সম্ভাবনার সামনে দাঁড়িয়ে আছেন। দলীয় রাজনীতির বাইরে তার ব্যক্তিগত সৌজন্য ও ভদ্র আচরণের জন্যও তিনি রাজনৈতিক অঙ্গনে পরিচিত বলে তার অনুসারীদের দাবি।